Kolagen to podstawowy składnik struktury jamy ustnej, stanowiący kluczowy element tkanki łącznej. Najważniejszy jest kolagen typu I, który buduje więzadła przyzębia. Kotwiczą one ząb w zębodole i amortyzują nieraz duże siły powstające podczas żucia. Bez wytrzymałych włókien kolagenowych zęby straciłyby stabilność – dochodzi do tego w przebiegu paradontozy, gdy enzymy (metaloproteinazy) niszczą kolagenowe więzadła przyzębia w odpowiedzi na toczący się w tej tkance stan zapalny. Z kolei dziąsła zawdzięczają kolagenowi swoją jędrność oraz możliwość chronienia głębiej położonych tkanek przed wnikaniem patogenów.

Warto pamiętać, że zębina oraz kość wyrostka zębodołowego, poza elementami mineralnymi, również zawierają kolagen.

Synteza kolagenu zostaje zaburzona przy niedoborze witaminy C; w skrajnym deficycie tej witaminy dochodzi do szkorbutu – dziąsła stają się wiotkie i krwawią, a zęby wypadają. Kolagenowi nie służy też cukier w diecie, gdyż powoduje usztywnienie włókien tego białka (zjawisko glikacji).

Kolagen stosowany jest obecnie szeroko w stomatologii regeneracyjnej, np. chirurgia szczękowa wykorzystuje błony kolagenowe w procesach sterowanej regeneracji kości, gdzie pełnią one rolę biologicznego rusztowania umożliwiającego odbudowę ubytków kostnych.