Niedobór białka (hipoproteinemia) ma znaczący wpływ na równowagę zdrowotną jamy ustnej. Białko jest bowiem fundamentem struktury dziąseł, więzadeł przyzębia oraz macierzy organicznej kości wyrostka zębodołowego. Jeśli brakuje go w diecie dzieci, przekłada się to także na nieprawidłowości w strukturze twardych tkanek zębów.

W przypadku deficytu aminokwasów dochodzi też do zmian w śluzówce jamy ustnej – staje się ona cienka, blada i podatna na urazy mechaniczne. U osób z niedoborami białkowymi (np. w przebiegu chorób wyniszczających czy jadłowstrętu) obserwuje się opóźnione gojenie ran po zabiegach ekstrakcji oraz zwiększoną skłonność do owrzodzeń i aft.

Istotną konsekwencją niedoboru białka w diecie jest niszczenie aparatu zawieszeniowego zęba. Osłabienie syntezy kolagenu prowadzi do cofania się dziąseł i rozchwiania zębów, co często współistnieje z nasilonym stanem zapalnym (periodontitis).

Białko jest również niezbędne do produkcji śliny bogatej w immunoglobuliny oraz lizozym. W związku z tym jego niedostatek skutkuje obniżeniem odporności miejscowej, co ułatwia kolonizację jamy ustnej przez patogeny, prowadząc do intensywnej próchnicy i kandydozy.