Do najpowszechniejszych chorób śluzówki jamy ustnej należą liszaj płaski, nawracające aftowe zapalenie, leukoplakia, a także rozmaite stany zapalne, które są powodowane przez różnorodne drobnoustroje na czele z bakteriami. Niektóre choroby śluzówki jamy ustnej uznawane są za stany przednowotworowe, które mogą zwiększać ryzyko rozwoju raka jamy ustnej – stąd wczesna diagnoza i leczenie tych zmian są niezbędne, aby zapobiegać powikłaniom i poprawiać jakość życia.

W leczeniu chorób przyzębia wykorzystuje się obecnie szeroko lasery o dużej i małej mocy. Lasery stomatologiczne o dużej mocy są stosowane do nacinania i poprawiania wyglądu tkanek przyzębia, z kolei lasery małej mocy wykorzystuje się do terapii fotobiomodulacyjnej. Dzięki tej terapii można wpływać na aktywność fibroblastów, stymulować procesy regeneracyjne w śluzówce jamy ustnej, a także przyspieszać gojenie ran i łagodzić ból pozabiegowy. Coraz więcej jest również doniesień, że terapia laserowa małej mocy może być skutecznym rozwiązaniem do leczenia zespołu pieczenia jamy ustnej. Laserowa fotobiomodulacja w stomatologii może przynosić korzyści także pacjentom onkologicznym, którzy poddawani są chemio- i/lub radioterapii oraz procedurom przeszczepiania komórek macierzystych układu krwiotwórczego.