Wybór metody leczenia ortodontycznego bezpośrednio kształtuje mikrobiom jamy ustnej, co potwierdzają najnowsze badania. Tradycyjne stałe aparaty ortodontyczne mogą znacząco pogarszać zdrowie przyzębia, gdyż powodują znaczący wzrost wskaźników: płytki nazębnej, dziąsłowego i krwawienia przy zgłębnikowaniu. W przeciwieństwie do nich alignery umożliwiają utrzymanie higieny jamy ustnej na dobrym poziomie, co minimalizuje ryzyko zapalenia dziąseł.

Ponadto konstrukcja aparatów stałych sprzyja kolonizacji jamy ustnej przez bakterie szkodliwe dla zdrowia przyzębia oraz bakterie próchnicotwórcze, podczas gdy u użytkowników alignerów mikrobiom pozostaje stabilniejszy, z wyższą zawartością bakterii sprzyjających zdrowiu jamy ustnej. Dodatkowo, długotrwała obecność metalowych elementów aparatu stałego i zalegająca płytka nazębna wywołują stres oksydacyjny, co może sprzyjać zapaleniom dziąseł.

Alignery w świetle tych odkryć są więc bezpieczniejszą alternatywą dla osób z grupy ryzyka chorób przyzębia.