Bakterie w jamie ustnej nie są rozmieszczone losowo. Wiadomo, że poszczególne szczepy zajmują określone siedliska ekologiczne – od języka po płytkę nazębną, a mikrobiom jamy ustnej jest znacznie bardziej zróżnicowany przestrzennie, niż wynikałoby to z ciągłego omywania śliną śluzówki jamy ustnej. Taki wniosek płynie z badania opublikowanego niedawno w czasopiśmie „Microbiology Spectrum”. Badanie koncentrowało się na rodzaju Capnocytophaga, który często występuje w płytce nazębnej. Wykorzystując analizy metapangenomiczne, naukowcy zbadali, jak różne gatunki i szczepy tego mikroorganizmu są rozmieszczone w jamie ustnej. Okazało się, że większość badanych genomów preferencyjnie występowała w płytce nazębnej nad- i poddziąsłowej, ale pewne szczepy były częściej wykrywane również na języku, co wskazuje na wybieranie przez nie konkretnych siedlisk powstających wskutek istnienia różnorodnych nisz ekologicznych. Zaobserwowano również, że niektóre grupy Capnocytophaga wykazywały właściwości metaboliczne sugerujące adaptację do mikrośrodowisk ubogich lub bogatych w tlen.

Według naukowców dokładne mapowanie siedlisk mikrobiologicznych jamy ustnej mogłoby przyczynić się do lepszego zrozumienia zdrowia tego obszaru i procesów dysbiotycznych w perspektywie długoterminowej.