Wykonywanie czynności pielęgnacyjnych jamy ustnej u dzieci z chorobami rzadkimi może być utrudnione z powodu zaburzonej kontroli ruchów jamy ustnej w połączeniu z mimowolnymi odruchami gryzienia czy wymiotów. Utrudnieniem są też problemy intelektualne i behawioralne oraz nadwrażliwość jamy ustnej. Dzieci z chorobami rzadkimi, u których konieczne jest żywienie przez gastrostomię, stanowią zaś szczególną grupę pacjentów wymagającą indywidualnego podejścia do higieny jamy ustnej. Brak przyjmowania pokarmów doustnie i ograniczone żucie wpływają na mikrobiom jamy ustnej – z badań wynika bowiem, że zmniejsza się naturalne oczyszczanie zębów i dziąseł, co sprzyja odkładaniu kamienia nazębnego i rozwojowi zapaleń dziąseł. Epizody wymiotów dodatkowo uszkadzają szkliwo i błonę śluzową.

Naukowcy ze Szwecji zaobserwowali ciekawą zależność: w grupie uczestniczących w ich badaniu dzieci poniżej 12. roku życia z chorobą rzadką i z gastrostomią notowano mniej próchnicy niż u dzieci bez gastrostomii. Badacze przypuszczają, że prawdopodobnie to wynik braku kontaktu zębów z cukrem, który jest obecny w diecie doustnej. Mimo tego, ogólny stan jamy ustnej dzieci z gastrostomią był gorszy niż u pozostałych dzieci.