Rozszczep wargi i podniebienia ma istotny wpływ na funkcję aparatu żującego, prowadząc do różnorodnych zaburzeń w zakresie mechaniki żucia, połykania i mowy.

W wyniku rozszczepu dochodzi do braku pełnego oddzielenia jamy ustnej i nosowej, co powoduje nieprawidłowe ciśnienie w trakcie żucia i połykania, ucieczkę pokarmu do jamy nosowej i zaburzenie rozkładu sił żucia. Skutkiem nieprawidłowego rozkładu sił są asymetria mięśni i nieprawidłowe ustawienie zębów.

Rozszczep może też powodować wady zgryzu, gdyż doprowadza do niedorozwoju szczęki, co z kolei ogranicza przestrzeń dla wyrzynających się zębów i prowadzi do ich stłoczenia lub rotacji. Zmiany w układzie kostnym mogą natomiast doprowadzić do niedostatecznego rozwoju łuków zębowych, co utrudni prawidłowe żucie pokarmu.

U osób z rozszczepem częściej obserwuje się też hipodoncję (brak zawiązków zębowych). Zęby mogą też mieć nieprawidłowy wygląd (szczególnie w okolicy rozszczepu), a ich podatność na próchnicę jest większa z powodu trudności w utrzymaniu higieny w miejscach z anomaliami anatomicznym.