Zwalczanie zakażenia bakteryjnego w kanałach korzeni zębowych jest bardzo trudne, a niejednokrotnie – pomimo wielu podejmowanych prób i stosowania rozmaitych środków zwalczających drobnoustroje (dotyczy środków odkażających, jak i antybiotyków) – nie uzyskuje się eliminacji patogenów z kanałów korzeniowych. Powodem jest wyjątkowa zdolność mikroorganizmów do przetrwania w kanale korzeniowym zarówno bez dostępu tlenu, jak i składników odżywczych. Wynika to z faktu, że zamieszkujące kanały korzeniowe bakterie należą do beztlenowców – nie potrzebują więc do życia tlenu. Ponadto udowodniono, że główny patogen, jaki stwierdzany jest w przypadku przetrwałych infekcji okołowierzchołkowych, czyli Enterococcus faecalis, ma zdolność do tworzenia bardzo złożonych biofilmów i do przeżycia bez składników odżywczych przez wiele miesięcy. Dodatkowo, drobnoustroje w kanałach korzeniowych potrafią przenikać głęboko do kanalików zębinowych – zanieczyszczenie bakteriami może osiągać głębokość 1000 μm. Na wielkości w świecie bakteryjnym to spora głębokość.

Obecnie do likwidacji zakażenia mikrobiologicznego w przypadku opornego biofilmu coraz częściej wykorzystuje się laser stomatologiczny. Kolejne badania naukowe potwierdzają, że to rozwiązanie przynosi bardzo dobre efekty terapeutyczne.