Chociaż nie znamy dokładnych przyczyn nieswoistych chorób zapalnych w jelitach, powszechnie uznaje się, że te schorzenia powodowane są przez wiele czynników, które współdziałają ze sobą. Są to: podatność genetyczna, wpływy środowiskowe, dysbioza (zaburzenie równowagi) mikrobioty jelitowej i zaburzenia regulacji odpowiedzi immunologicznej.

Nieswoiste choroby zapalne jelit, w tym choroba Leśniowskiego-Crohna i wrzodziejące zapalenie jelita grubego, charakteryzują się licznymi objawami pozajelitowymi. Jama ustna jest jednym z takich obszarów; często staje się też „oknem” obserwacyjnym na procesy toczące się w dalszych odcinkach przewodu pokarmowego, a zmiany w jej obrębie mogą wyprzedzać objawy jelitowe o wiele miesięcy.

Z badań wynika, że u osób z nieswoistymi chorobami zapalnymi jelit najczęściej notuje się suchość w ustach (u prawie 1/3), nieprzyjemny zapach z ust (u prawie 1/4), owrzodzenia (powstają u co piątej osoby z chorobą zapalną jelit) oraz zmiany na języku (dotykają niemal co dziesiątą osobę z nieswoistym stanem zapalnym jelit).