Po zabiegu osadzenia implantu w jamie ustnej bardzo szybko dochodzi do kolonizacji powierzchni wszczepu przez rozmaite gatunki drobnoustrojów. W ciągu kilku minut na powierzchni implantu tworzy się błonka ślinowa, zwana białkową warstwą kondycjonującą. Działa ona jak rusztowanie dla przyczepiających się do niej drobnoustrojów.

Proces wczesnej kolonizacji inicjują takie szczepy bakteryjne, jak Streptococcus i Actinomycetes.

W ciągu kolejnych kilku tygodni i miesięcy biofilm przy implancie dojrzewa, a tworząca go różnorodna gama gatunków drobnoustrojów tworzy solidną pozakomórkową matrycę polimerową. Matryca ta chroni bakterie przed zastosowaniem leków przeciwdrobnoustrojowych i przed komórkami układu odpornościowego gospodarza. Powoduje to, że dobrze ugruntowany w jamie ustnej biofilm staje się wysoce odporny na zniszczenie. Skutkiem tego choroby, które pojawiają się w okolicy poddanej zabiegowi implantowania, również leczy się bardzo trudno. Powoduje to, że stosunkowo niegroźny, wczesny i zazwyczaj odwracalny stan zapalny, jakim jest zapalenie śluzówki jamy ustnej otaczającej implant stomatologiczny, może przekształcić się w poważniejszą formę, która osłabi zarówno tkanki miękkie, jak i kość przyzębia i może doprowadzić nawet do utraty implantu.