Tradycyjne sposoby zapobiegania próchnicy zębów lub wykorzystywane w jej leczeniu obejmują kombinację metod nieinwazyjnych (takich, jak profilaktyka stomatologiczna oparta między innymi na edukacji, codziennej higienie jamy ustnej, okresowej fluoryzacji) z metodami inwazyjnymi, odpowiadającymi coraz częściej standardom stomatologii małoinwazyjnej.

Wprawdzie metody te są skuteczne, ale nie u wszystkich dają taki sam rezultat – dotyczy to szczególnie metod nieinwazyjnych. Różnice w wynikach stosowania działań z zakresu profilaktyki stomatologicznej są bowiem pokłosiem wpływu czynników genetycznych i środowiskowych – gdyż każdy człowiek jest inny.

Jeśli chodzi o strategie leczenia próchnicy, to wymierzone są one w mikrobiom patogenny. Wykorzystuje się tutaj rozmaite substancje i leki wycelowane w likwidację bądź ograniczanie populacji drobnoustrojów szkodzących zdrowiu zębów. Jedną z innowacyjnych metod kontroli nad bakteriami próchnicotwórczymi jest wykorzystanie fagów, czyli wirusów infekujących bakterie. Z badań wynika, że fagi te mogą przenikać do biofilmu tworzącego się na zębach i śluzówce jamy ustnej i stanowić nowoczesną formę jego biokontroli.