Choć dieta jest głównym źródłem jonów fluorkowych, to niektóre produkty spożywcze mogą zawierać znacznie wyższą ilość tego pierwiastka w porównaniu do innych. Tak jest na przykład w przypadku ryb morskich, w których fluoru jest więcej niż w rybach rzecznych. Sporo fluoru znajdziemy również w herbacie. Kości i zęby zatrzymują największą ilość jonów fluorkowych w organizmie. Są więc dobrymi biomarkerami do szacowania ilości fluoru w ustroju. Jednak z uwagi na specyfikę budowy i lokalizację tych struktur ich rzeczywiste wykorzystanie w roli biomarkerów jest problematyczne. Elementami, z których łatwiej można pozyskać dane o zawartości fluoru w organizmie, są krew (osocze), mocz i ślina. Ostatnio do tej grupy dołączyły również paznokcie i włosy, przy czym włosy są uznawane za lepsze biomarkery od paznokci.

Dzięki analizie laboratoryjnej każdego z wymienionych biomarkerów można wykryć poziomy fluoru w organizmie, co jest szczególnie ważne, jeśli tego pierwiastka przyjęło się zbyt dużo. Przedawkowanie fluoru może bowiem prowadzić do fluorozy, a nawet do zatruć. Stosowanie fluoru w kontrolowanych dawkach zapewnia natomiast korzystne efekty w zakresie profilaktyki stomatologicznej w kontekście zapobiegania próchnicy.