Zęby mleczne są bardziej podatne na próchnicę niż zęby stałe. Dzieje się tak z kilku istotnych powodów anatomicznych i fizjologicznych. Przede wszystkim szkliwo zębów mlecznych jest znacznie cieńsze (ok. 0,5 mm) niż w zębach stałych (ok. 1–2 mm). Dodatkowo – zawiera mniej minerałów, co sprawia, że jest mniej odporne na działanie kwasów produkowanych przez bakterie próchnicotwórcze, takie jak Streptococcus mutans. Pod słabszym niż w zębach stałych szkliwem znajduje się także cieńsza zębina, która może w krótkim czasie ulegać demineralizacji, co umożliwia pogłębianie się zmian i szybkie szerzenie się infekcji w kierunku miazgi.

Ponieważ układ immunologiczny małych dzieci nie jest jeszcze w pełni dojrzały, może to wpływać na wolniejszą odpowiedź organizmu na rozwój stanu zapalnego w obrębie zęba. Często też nawyki higieniczne u dzieci nie są jeszcze wykształcone, a one same mają skłonność do sięgania po pokarmy bogate w cukry i nie zawsze regularne bywają u dentysty.

Wszystkie te czynniki sprawiają, że próchnica w zębach mlecznych postępuje szybciej i agresywniej niż w zębach stałych, prowadząc często do powikłań takich jak zapalenie miazgi, ropnie czy przedwczesna utrata zębów. To z kolei może zakłócać prawidłowy rozwój zgryzu i powodować problemy ortodontyczne w przyszłości.