Aby leczenie endodontyczne zakończyło się sukcesem, konieczne jest wyeliminowanie bakterii z chorego zęba, a także hermetyczne zamknięcie kanałów korzeniowych i wykonanie szczelnej, trwałej odbudowy tkanek twardych zęba. Dla uniknięcia zakażenia kluczowe jest zatem dokładne odizolowanie leczonego obszaru od środowiska jamy ustnej. Jednak zdarza się, że mimo uważności dentysty, infekcje po leczeniu kanałowym pojawiają się. Zakażenia te są skutkiem aktywności bakterii, których nie udało się wyeliminować z leczonego obszaru bądź które przedostały się do przeleczonego endodontycznie rejonu przez nieszczelności w odbudowie. 

Warto pamiętać, że mikroorganizmy mogą rozwijać się wszędzie tam, gdzie trafią na substancje odżywcze i odpowiednią niszę biologiczną. W jamie ustnej żyją liczne szczepy drobnoustrojów, w tym beztlenowe bakterie z obumierającej miazgi zębowej. Mogą one znaleźć niszę biologiczną do rozwoju w obszarze, który nie został dostatecznie doczyszczony bądź zdezynfekowany – mówimy wtedy o infekcji przetrwałej. Kiedy natomiast bakterie do zęba po leczeniu kanałowym przedostają się przez nieszczelne obudowy, mamy do czynienia z reinfekcją.