Jama ustna dziecka to dynamicznie zmieniający się ekosystem. Choć najczęściej słyszy się o bakteriach jamy ustnej, w tym – drobnoustrojach powodujących próchnicę, to bardzo istotnym, choć wciąż słabo zbadanym elementem tej mikroflory są grzyby.

Kolonizacja jamy ustnej dziecka bakteriami i grzybami zaczyna w chwili zakończenia ciąży – poprzez kontakt z matką, dietę i otoczenie. Początkowo u niemowląt wśród flory grzybowej dominują drożdżaki z rodzaju Candida i Saccharomyces. Wśród bakterii najczęstsze są u noworodków różne paciorkowce. Wraz z wiekiem zmienia się skład flory zarówno bakteryjnej, jak i grzybowej w jamie ustnej dziecka, a stopniowe rozszerzanie diety o stałe pokarmy powoduje kolejne znaczące modyfikacje w mikrobiomie ustnym dziecka. W dalszych latach mikrobiom ten intensywnie się rozwija i różnicuje, a z czasem upodabnia się do mikroflory jamy ustnej dorosłych.

W warunkach zdrowia (eubiozy) organizm dziecka współistnieje z drobnoustrojami jamy ustnej w harmonii, a pożyteczne składniki mikrobiomu chronią mały organizm przed patogenną mikroflorą i wspierają rozwój odporności. Zaburzenie tej równowagi (dysbioza) bywa punktem wyjścia dla wielu chorób – o charakterze miejscowym bądź ogólnoustrojowym.