Założenie aparatu ortodontycznego u dziecka to krok ku prostym zębom, ale też poważna zmiana dla mikrobiomu jamy ustnej użytkownika akcesorium wspomagającego starania o prawidłowy zgryz. Elementy aparatu tworzą nowe, trudne do oczyszczenia obszary, w których mogą zalegać resztki pokarmowe i które sprzyjają odkładaniu się płytki nazębnej. Powoduje to przesunięcie równowagi mikrobiomu w stronę bakterii próchnicotwórczych (jak Streptococcus mutans) oraz grzybów – szczególnie drożdżaków z rodzaju Candida. Zmianom tym towarzyszą modyfikacje lokalnego pH, co przy niedostatku lub zmienionym składzie śliny tworzy idealne warunki do rozwoju drobnoustrojów patogennych.

Badania wykazują, że aparaty ortodontyczne ruchome silniej od stałych stymulują namnażanie szczepów Candida, podczas gdy aparaty stałe bardziej sprzyjają rozwojowi bakterii niż grzybów.

Wzrost liczby kolonii drożdżaków nasila się zwłaszcza między 3. a 6. miesiącem leczenia. Choć u zdrowych dzieci rzadko dochodzi do pełnoobjawowej kandydozy, to obecność grzybów w biofilmie znacząco podnosi ryzyko stanów zapalnych dziąseł. Z tego powodu konieczne jest systematyczne dbanie o higienę – jamy ustnej i samego aparatu leczącego wady zgryzu.