Immunosupresja, czyli osłabienie funkcji układu odpornościowego, może mieć istotny negatywny wpływ na zdrowie jamy ustnej i prowadzić do zwiększonej podatności na zakażenia, zaburzeń gojenia i innych nieprawidłowości. Leczenie doprowadzające do immunosupresji stosuje się m.in. u osób poddawanych transplantacji, żeby zminimalizować ryzyko odrzucenia przeszczepu przez organizm biorcy.

Osłabiony układ odpornościowy sprzyja jednak namnażaniu bakterii i innych patogenów – także w jamie ustnej. Zwiększa to ryzyko kandydozy tego obszaru (to najczęstsza infekcja grzybicza u osób poddawanych immunosupresji), infekcji wirusowych i zakażeń bakteriami. Bakterie patogenne płytki bakteryjnej mogą powodować zapalenia dziąseł i przyzębia, co może skutkować przyspieszoną utratą zębów.

U osób po transplantacjach lub poddanych terapii immunosupresyjnej gojenie się ran w jamie ustnej jest opóźnione. Zwiększa to ryzyko powikłań, takich jak zakażenia rany lub martwica jałowa. Leki immunosupresyjne mogą też zmniejszać wydzielanie śliny, co prowadzi do kserostomii, czyli suchości jamy ustnej. To kolei podnosi ryzyko próchnicy, infekcji i dyskomfortu podczas jedzenia oraz mówienia.