Początkowo identyfikacja bakterii, które powodują zakażenia w jamie ustnej, opierała się na technikach hodowli beztlenowców i obserwacjach mikroskopowych z kontrastem fazowym. Techniki te były wykorzystywane także w przypadku diagnozowania przyczyny mikrobiologicznej w przypadku periimplantitis wokół implantów. Tymi technikami wykrywano głównie bakterie Gram dodatnie, ziarniaki i nieruchome pałeczki. Jednak specyfika zapalenia błony śluzowej wokół implantu wskazywała na obecność również innych szczepów bakteryjnych. Dopiero techniki molekularne, takie jak reakcja łańcuchowa polimerazy czy hybrydyzacja fluorescencyjna umożliwiły określenie dokładniejszej listy bakterii powodujących zakażenia, między innymi wokół implantów czy wchodzących w skład tak zwanego czerwonego kompleksu.

Wczesne badania diagnostyczne wskazywały na podobieństwa między zakażeniami wokół implantów a zapaleniem dziąseł lub przewlekłym zapaleniem przyzębia, ale to dzięki technikom molekularnym udało się wykazać, że mikrobiom związany z rozwojem periimplantitis cechuje się swoistą specyficznością gatunkową.