Dzięki analizie stanu wyrostków zębodołowych i błony śluzowej jamy ustnej pacjenta, stomatolog może określić poziom zmian zanikowych, przebieg i kształt wyrostków zębodołowych a także modyfikacje ich wzajemnego położenia. Dodatkowo lekarz bada stan stawów skroniowo-żuchwowych oraz system mięśniowo-nerwowy. To wszystko wpływa na rodzaj wybranej protezy oraz proces adaptacji do niej.

Wskazaniami do wykonania protezy szkieletowej są mieszane bądź rozległe braki w łuku zębowym na tyle poważne, że uniemożliwiają założenie mostu. Dodatkowo, protezy te można stosować w przypadku paradontopatii, leczeniu zgryzów urazowych, zgryzów głębokich i rozszczepu podniebienia.

Z kolei przeciwwskazaniem do wykonania protezy szkieletowej może być próchnica. Szczególnie narażone na zniszczenia próchniczne są zęby, które zbliżone są do siodła protezy. Jest to związane z utrudnioną higieną jamy ustnej. Nie powinno się stosować protez szkieletowych przy ograniczonych dwustronnych lub jednostronnych brakach pojedynczych zębów. Ograniczenie dotyczy również pacjentów z problemami psychicznymi, u których stwierdza się strach przed założeniem protezy.