Niezależnie od systemu, który wykorzystywany jest podczas leczenia ortodontycznego, zawsze dochodzi do powstania naprężeń i ucisków w tkankach szczęk. Oznacza to, że w pierwszych dniach leczenia, a także po okresowym dopasowaniu aparatu ortodontycznego na nowo bądź przy zmianie nakładek na nowe można odczuwać niewielki dyskomfort. Najczęściej opisywany jest on jako uczucie ucisku. Warto pamiętać, że stan ten jest normalny i przejściowy – oznacza, że leczenie działa, a zęby są stopniowo przesuwane w kierunku należnej im, wyznaczonej, właściwej pozycji. 

Z dyskomfortem można poradzić sobie za pomocą dostępnych powszechnie leku przeciwbólowych. Z kolei podrażnienia, jakie mogą pojawić się na delikatnych tkankach jamy ustnej wskutek ich kontaktu z elementami aparatu ortodontycznego podczas pierwszych dni leczenia, również ustępują po pewnym czasie. Warto w czasie odczuwania dolegliwości na śluzówce jamy ustnej stosować płukanki ziołowe, które działają kojąco i regenerująco, na przykład z naparu z rumianku.