Kieszonki dziąsłowe, szczególnie jeśli są patologicznie pogłębione, stanowią nisze, w których osadzają się resztki organiczne, a także drobnoustroje, w tym – różne gatunki bakterii. Bakterie te tworzą swoiste kompleksy, dzięki czemu poszczególne osobniki mogą bardzo efektywnie wykorzystywać składniki pokarmowe i dobrze chronić się przed systemem immunologicznym gospodarza.

Socransky podzielił mikroorganizmy bytujące w biofilmie jamy ustnej na kilka grup, kierując się zależnościami panującymi pomiędzy gatunkami drobnoustrojów, a także przypisując im odpowiednie kolory. Tak wyodrębnione zostały kompleksy:

• czerwony – należą tu bakterie najbardziej patogenne w stosunku do tkanek przyzębia;

• pomarańczowy – zawiera gatunki bakterii, które są bezpośrednio związane z mikroflorą należącą do kompleksu czerwonego;

• żółty – zaliczono tu bakterie związane z płytkimi kieszonkami przyzębia;

• fioletowy – to kompleks utworzony przez bakterie, które nie są tak patogenne, jak mikroorganizmy z kompleksu czerwonego i żółtego;

• niebieski – rozwija się u osób z uporczywymi zmianami okołowierzchołkowymi; należą tu bakterie z rodziny promieniowców;

• zielony – ma duże znaczenie dla rozwoju próchnicy.