Germektomia to zabieg, w którym dochodzi do usunięcia zęba znajdującego się w stadium zawiązka. Jeśli zostanie wykonana odpowiednio wcześnie, wówczas można uniknąć wielu niepożądanych zjawisk w obrębie uzębienia. Dzięki germektomii można między innymi uniknąć resorpcji oraz próchnicy na drugich zębach trzonowych, uszkodzenia nitek nerwu zębodołowego dolnego i językowego, a także stłoczeń siekaczy w żuchwie czy pochylenia drugich trzonowców w kierunku języka bądź policzka. Można również uniknąć utrudnień podczas wyrastania zębów mądrości i związanych z tym powikłań infekcyjnych.

W przypadku zębów mądrości germektomię można wykonywać w ramach profilaktyki bądź leczenia – w sytuacjach, kiedy dochodzi do zatrzymania wyrzynania trzecich trzonowców. Zabieg ten w odniesieniu do zawiązka trzeciego zęba trzonowego w żuchwie przeprowadza się u dzieci w wieku 9-14 lat, natomiast w szczęce – około 16. roku życia.

Zanim chirurg stomatologiczny podejmie decyzję o wykonaniu germektomii, zawsze najpierw przeprowadzi wywiad medyczny i wykona badania obrazowe, aby ocenić stopień rozwoju zawiązka zęba.