W zapaleniu śluzówki jamy ustnej wyróżniała się cztery fazy:

• zapalną, zwaną też naczyniową;

• bakteryjną, inaczej nadżerkową;

• fazę gojenia.

W fazie nadżerkowej dochodzi do przerwania ciągłości tkanek. Rodzi to ryzyko przedostania się drobnoustrojów do organizmu. Do ustroju mogą wnikać bakterie, ale także grzyby i wirusy.

Jeśli w organizmie toczy się stan zapalny bądź realizowane jest intensywne leczenie innego schorzenia, na przykład nowotworu, to przedarcie się mikroorganizmów do wnętrza ustroju może doprowadzić do zaostrzenia procesów chorobowych, a także mogą pojawić się stany zagrażające życiu – szczególnie w przypadku osób, u których w wyniku leczenia bądź samej choroby głównej doszło do upośledzenia sprawności funkcjonowania układu immunologicznego.

Bardzo groźne są zakażenia bakteriami Gram ujemnymi, ponieważ mikroorganizmy te mogą doprowadzić do wstrząsu septycznego i szybkiego zgonu. Najczęstsze nadkażenie wirusowe powodowane jest wirusem opryszczki zwykłej – szacuje się, że może dotykać nawet 95% pacjentów chorujących na nowotwory krwi. Nadkażenia grzybicze też nie występują rzadko, a sprzyjają im korelacje grzybów patogennych z bakteriami bytującymi w jamie ustnej.