Mikroflora jamy ustnej złożona jest z wielu różnych grup mikroorganizmów, a także czynników, które nie mają budowy ustrojowej. Jamę ustną kolonizują bakterie, grzyby, wirusy, priony, a czasem także organizmy z grupy Protista. Obecnie wiemy, że naturalna fizjologiczna flora jamy ustnej kształtuje się już w wieku dziecięcym, ale wraz z upływem lat zmienia się w zależności od czynników środowiskowych, jak i stylu życia konkretnej osoby.

Niektóre czynniki mogą doprowadzić do zaburzenia naturalnej równowagi mikrobiologicznej w jamie ustnej, co powoduje, że pewne drobnoustroje zaczną się nadmiernie rozwijać. To z kolei może doprowadzić do rozmaitych schorzeń, jak na przykład zapalenia przyzębia czy śluzówki jamy ustnej, próchnicy zębów.

Szacuje się, że w jednym mililitrze ludzkiej śliny znajduje się od 20 do 400 milionów drobnoustrojów, które mogą należeć to około 700 różnych gatunków. Co ciekawe, inne mikroorganizmy występują na powierzchni języka, inne na błonie śluzowej policzków, a jeszcze inne – na powierzchni ust i warg czy zębów.

Na powierzchni ust i warg bardzo mało jest bakterii beztlenowych, natomiast na powierzchni języka notuje się około 100 bakterii na jedną komórkę nabłonka. Zdecydowanie mniej bakterii przypada na jedną komórkę nabłonka śluzówki wyściełającej policzki – to zaledwie 5 bakterii.