Próchnica w korzeniach zębowych dotyka cement, którym pokryte są zęby w swojej części osadzonej w przyzębiu. Usytuowanie korzeni zębowych powoduje, że trudno jest dentyście leczyć próchnicę, operując wiertłem stomatologicznym. Z tego powodu do likwidacji zmian w tym obszarze wykorzystuje się między innymi laseroterapię, a do likwidowania próchnicy w korzeniach zębowych wykorzystywany jest często laser erbowo-yagowy.

Laser stomatologiczny jest skuteczny w likwidacji próchnicy, gdyż energia wiązki świetlnej jest lepiej absorbowana przez tkanki zmienione chorobowo niż przez obszary zdrowe. Powoduje to, że w chorych tkankach błyskawicznie dochodzi do ich miejscowego, kontrolowanego przegrzania i odparowania. Jest to tak zwana fotoablacja.

Ponieważ laser stomatologiczny wyposażony jest w sprawny system chłodzenia wodnego, dlatego też nie dochodzi do przegrzania delikatnej miazgi zęba, która wypełnia między innymi kanały korzeniowe. Badania potwierdzają, że światło lasera nie wpływa negatywnie na zdrowotność i żywotność miazgi zębów.