Przyjmowanie antybiotyków w dużych ilościach i/lub przez długi czas może negatywnie wpłynąć na stan zębów i jamy ustnej.

Najczęściej występującą chorobą wywołaną długotrwałym stosowaniem antybiotyków jest grzybica jamy ustnej. Spowodowana jest głównie przez grzyby Candida albicans. Co prawda mikroorganizmy te stale bytują w jamie ustnej, lecz osłabienie odporności, które wynika m.in. ze zniszczenia naturalnej mikroflory organizmu, sprzyja ich rozwojowi. Objawem grzybicy są powstające na błonach śluzowych, języku i gardle charakterystyczne białe naloty i owrzodzenia. Dodatkowo grzybicy bardzo często towarzyszy nieświeży oddech.

Stosowanie antybiotyków z grupy tetracyklin może prowadzić do powstania nieestetycznych i trudnych do usunięcia przebarwień zębów – leki te wykorzystuje się do walki z trądzikiem. Najczęściej spotykane są przebarwienia w odcieniach szarości, ale mogą one też być lekko zielone, niebieskie, a nawet czarne. Zmiana zabarwienia szkliwa, będąca skutkiem stosowania tetracyklin może obejmować cztery stopnie. Zmiany stopnia pierwszego i drugiego można usunąć za pomocą zabiegów wybielających zęby, zaś zmiany trzeciego i czwartego stopnia wymagają leczenia estetyczno-protetycznego.