Zespół pieczenia jamy ustnej (BMS) to trudna do zdiagnozowania przypadłość, ponieważ obecnie wciąż nie ma opracowanego testu, który w sposób jednoznaczny umożliwiłby jej rozpoznanie. Kiedy pacjent sygnalizuje objawy wskazujące na występowanie u niego zespołu pieczenia jamy ustnej, przeprowadza się:

• wywiad medyczny odnośnie schorzeń dotyczących jamy ustnej, ale także innych chorób ustrojowych, łącznie z chorobami psychicznymi;

• badanie fizykalne błony śluzowej jamy ustnej – aby wykluczyć istnienie choroby dającej objawy podobne tym, które obserwuje się przy BMS, bądź alergii, która również może skutkować powstaniem symptomów charakterystycznych dla zespołu pieczenia jamy ustnej;

• badania laboratoryjne, włącznie z posiewem z jamy ustnej w kierunku grzybów pasożytniczych, morfologią krwi, a także z określeniem poziomu witamin z grupy B i żelaza i podatności na alergeny;

• badanie elektrofizjologiczne, dzięki któremu określa się prawidłowość pobudzenia neuronów i przesyłu informacji nerwowej;

• badania obrazowe;

• badania histopatologiczne, dzięki którym ostatecznie można wykluczyć lub potwierdzić istnienie choroby dającej symptomy podobne tym, które obserwuje się w BMS.