Mikrobiom jamy ustnej to zespół wszystkich mikroorganizmów, które znajdują się w tym obszarze. Na skład gatunkowy i liczebność mikroflory jamy ustnej mają wpływ różne czynniki.

• Temperatura – to jeden z najbardziej stabilnych elementów środowiskowych mających wpływ na rozwój mikrobiomu jamy ustnej. Stabilność ta, wynikająca z utrzymywania się temperatury w okolicach 35-36 stopni Celsjusza, jest istotnym czynnikiem stałości gatunkowej mikroflory jamy ustnej.

• Odżywianie – drobnoustroje w jamie ustnej odżywiają się składnikami znajdującymi się w ślinie, w płynie dziąsłowym, a także pochodzącymi z diety – głównie węglowodanami. Jeśli dostarcza się je zbyt często i w dużej ilości, wpływają one na zmianę mikroflory w kierunku wzrostu liczebności paciorkowców i pałeczek mlekowych. Wskutek tego mniej jest bakterii, które nie tolerują kwaśnego środowiska.

• Potencjał redoks i pH – zmiany w tych wartościach powodowane są przez przyjmowane pokarmy. Kiedy w diecie jest dużo węglowodanów, pH ulega obniżeniu nawet poniżej 5, podczas gdy przeciętnie wynosi ono 6,75– 7,25.

• Protezy ruchome – stają się nowymi niszami do zasiedlenia przez mikroorganizmy stałe dla środowiska jamy ustnej, ale także i nowe. Prowadzi to do zaburzenia dotychczasowej równowagi w jamie ustnej i sprzyja powstaniu stomatopatii protetycznych, którym towarzyszą m.in. stany zapalne, uszkodzenia tkanek, a także uczucie palenia w jamie ustnej.

• Środki do higieny jamy ustnej– szczególnie zawierające substancje przeciwbakteryjne. Redukują one mikroflorę bytującą w jamie ustnej, co przyczynia się do powstania nowej równowagi w mikrobiomie.