Nie każdy stan zapalny tkanek wokół implantu to peri-implantitis. W zależności od stopnia destrukcji tkanek głębokich wyróżnia się dwie główne jednostki kliniczne: zapalenie śluzówki jamy ustnej wokół implantu (peri-implant mucositis) oraz zapalenie tkanek wokół implantu (peri-implantitis).

Zapalenie błony śluzowej to proces zapalny ograniczony do tkanek miękkich. Charakteryzuje się krwawieniem przy delikatnym zgłębnikowaniu, zaczerwienieniem, obrzękiem lub wysiękiem ropnym. Często obserwuje się zwiększenie głębokości kieszonek dziąsłowych podczas badania sondą, co wynika m.in. z obrzęku i utraty sprężystości tkanek. Nie ma jednak postępującej utraty tkanki kostnej w miejscu osadzenia implantu, co jest charakterystyczne dla zapalenia tkanek wokół implantu, czyli peri-implantitis.

Peri-implantitis to stan patologiczny związany z obecnością biofilmu; obejmuje zarówno błonę śluzową przyzębia, jak i tkanki kostne. Poza objawami zapalnymi, typowymi dla peri-implant mucositis, cechą definiującą jest właśnie postępująca utrata kości wspierającej implant, co widać na zdjęciu rtg.