Prowadzenie indywidualnej lub grupowej praktyki lekarskiej czy dentystycznej to nic innego jak działalność gospodarcza, a prowadzący ją lekarz staje się przedsiębiorcą. Z prowadzeniem działalności gospodarczej wiąże się zjawisko kontroli. Obecnie obowiązujące przepisy mówią o kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy. Lista podmiotów, które mogą kontrolować gabinet stomatologiczny lub placówkę, w ramach której gabinet ów działa, jest długa, jednak nie taka sama dla każdego gabinetu. W gabinecie, który nie współpracuje z NFZ ani nie stara się o podpisanie kontraktu, nie będą przeprowadzane kontrole z ramienia Funduszu Zdrowia. Podobnie Najwyższa Izba Kontroli nie będzie kontrolować jednoosobowej praktyki prywatnej niezwiązanej kontraktem z NFZ i mieszczącej się w prywatnym lokalu, ale na pewno w jej gestii będzie przeprowadzenie kontroli np. w szpitalu klinicznym finansowanym ze środków publicznych.

W gabinecie stomatologicznym kontrole mogą przeprowadzać:

• Państwowa Inspekcja Sanitarna

• Państwowa Straż Pożarna

• inspektor bezpieczeństwa i higieny pracy

• organy administracji architektoniczno-budowlanej i nadzoru budowlanego

• organy Ochrony Środowiska

• Państwowa Inspekcja Pracy

• inspektorzy ZUS

• Straż Miejska

• Inspektor Ochrony Danych Osobowych

• organy podatkowe

• organy samorządu lekarskiego oraz terytorialnego

• NFZ

• minister zdrowia

• Najwyższa Izba Kontroli.

Organ kontrolujący po każdej kontroli sporządza protokół pokontrolny z informacjami o zakresie i celu kontroli, zastanym stanie faktycznym, a także zawierający datę kontroli, dane kontrolującego i kontrolowanego oraz zalecenia pokontrolne. Protokół pokontrolny musi być podpisany przez kontrolującego oraz przedstawiony do podpisu osobie reprezentującej podmiot kontrolowany.