Leczenie zaburzeń czynnościowych narządu żucia powinno być indywidualnie dostosowane do każdego pacjenta i prowadzone pod okiem specjalistów z wielu dziedzin.

W protetyce stomatologicznej w terapii tych zaburzeń stosuje się szyny zgryzowe: odruchowe, repozycyjne, stabilizacyjne. Wykorzystuje się je najczęściej w przypadku występowania parafunkcji narządu żucia. Rolą technika dentystycznego jest przygotowanie dopasowanej do potrzeb konkretnego pacjenta pracy protetycznej. Rolą stomatologa – diagnozowanie i wytyczanie kierunku leczenia oraz monitorowanie jego postępów, a także nanoszenie ewentualnych korekt na pierwotny plan.

Jednym z najważniejszych elementów procesu leczniczego jest poinformowanie chorego o istniejących u niego parafunkcjach, gdyż dzięki temu pacjent może je później sam kontrolować. Ponieważ głównym czynnikiem powstawania parafunkcji jest stres, dlatego też w wielu przypadkach, poza interwencją stomatologa i pracą technika dentystycznego, wymagana jest pomoc psychoterapeuty. Lekarze polecają też ćwiczenia mięśniowe. Pacjent powinien je wykonywać regularnie, ponieważ tylko wtedy można osiągnąć pozytywne wyniki. Rezultatem takiej gimnastyki powinno być rozluźnienie mięśni twarzoczaszki.

Pomocne są również zabiegi fizjoterpeutyczne, takie jak masaż, krioterapia czy laseroterapia. Prowadzą one do przywrócenia prawidłowej przemiany materii oraz poprawiają krążenie.

Ból towarzyszący zaburzeniom czynnościowym żucia mogą też doraźnie zniwelować środki farmakologiczne – ponieważ zmniejszają napięcie mięśni oraz napięcie psychiczne.