Typowy ból zęba ma przyczynę, którą dość łatwo da się zdiagnozować. Może to być próchnica, choroba przyzębia, uszkodzenie zęba czy nadwrażliwość zębów. Zazwyczaj w takich przypadkach boli krótko ale intensywnie. Pojawienie się nietypowego bólu zęba, zwanego fantomowym lub neuropatycznym, charakteryzuje przewlekłość trwania i brak możliwości określenia przyczyny dolegliwości. Ból taki może dotyczyć obszaru po usuniętych zębach lub po leczeniu endodontycznym. Ponieważ jego przyczyny nie da się wskazać, więc określa się go mianem idiopatyczny. Ból nietypowy może się utrzymywać przez pewien czas, ale może też ustąpić samoistnie – nagle bądź stopniowo – albo zanikać w odpowiedzi na długotrwałe leczenie lekami przeciwbólowymi.

Nietypowy ból zęba najczęściej opisywany jest jako ciągłe pulsowanie, np. w miejscu po ekstrakcji zęba. Nie zawsze można go opanować lekami przeciwbólowymi. Jego intensywność może być różna – od bardzo łagodnego do bardzo ciężkiego. Najczęściej pojawia się u osób w średnim wieku lub u starszych. Może mieć związek z depresją i lękiem; prawdopodobnie może być związany z dysfunkcją lub „zwarciem” nerwów bądź może być efektem nieprawidłowego pobudzenia obszaru mózgu, który przetwarza sygnały bólowe.

W nietypowym bólu zęba diagnostyka jest bardzo istotna, gdyż właściwe rozpoznanie stwarza szanse na uniknięcie niepotrzebnego, a przez to nieskutecznego, leczenia stomatologicznego.